Het bestuur van Parkstad Limburg bestaat uit de Parkstad Raad en het Parkstad Bestuur. Er is een duidelijke verantwoordelijkheidsverdeling tussen beide besturen. De Parkstad Raad stuurt het beleid van Parkstad Limburg op hoofdlijnen en op resultaten aan. De uitvoering van het beleid berust bij het Parkstad Bestuur, dat hiervoor weer verantwoording aflegt aan de Parkstad Raad.
De rollen van Parkstad Raad en Parkstad Bestuur zijn duidelijk gescheiden. Leden van het Parkstad Bestuur kunnen in de Algemene Bestuursvergadering niet meestemmen over besluiten. De voorzitter van de Parkstad Raad is ook voorzitter van het Parkstad Bestuur en heeft in beide besturen geen stemrecht. Hierdoor ontstaat een duidelijke, heldere structuur binnen de verantwoordelijkheden.